Suite à la bataille enragée qui a opposé Dialga et Palkia dans le dixième film, le Monde Renversé, un monde parallèle et symétrique au nôtre, est gravement affecté et des nuages empoisonnés font leur apparition. Le maître du Monde Renversé, Giratina, est en colère et demande l'aide de Shaymin pour purifier son domaine. Mais lorsque Dialga voyage à travers les dimensions et se retrouve au coeur du Monde Renversé, Giratina se venge et l'attaque sauvagement, blessant Shaymin durant un combat titanesque. Shaymin se "téléporte" dans le monde des Pokémon où Sacha et ses amis arrivent dans une nouvelle ville. Mais Giratina n'en a pas fini avec le Pokémon hérisson et Shaymin se voit chassé par le Pokémon légendaire, enragé à l'idée de savoir que Dialga a réussi à le semer. Sacha et ses amis sont transportés dans le Monde Renversé pour aider Shaymin et Giratina. Mais un autre problème s'impose: Zéro, le méchant du film, veut contrôler le Monde Renversé et Giratina pour assouvrir sa vengeance sur les humains destructeurs de la nature et de l'environnement.
